Tests sur le microbiote intestinal : des résultats jugés peu fiables par les experts

Tests sur le microbiote intestinal : des résultats jugés peu fiables par les experts

05.10.2026 07:06
2 min de lecture

Le microbiote intestinal : un écosystème clé pour la santé

Le microbiote intestinal, constitué d’une multitude de micro-organismes tels que bactéries, virus, champignons et parasites, joue un rôle fondamental dans notre santé, influençant la digestion, le métabolisme et le système immunitaire. Des recherches soutiennent également son impact sur certaines maladies et l’efficacité des traitements, notamment en oncologie, rapporte TopTribune.

Cependant, de nombreux facteurs peuvent provoquer une « dysbiose », désignant un déséquilibre de cet écosystème, incluant la sédentarité, des infections gastro-intestinales et certaines pathologies inflammatoires comme le syndrome de l’intestin irritable.

Des tests aux résultats variables

Pour rétablir l’équilibre du microbiote, divers tests émergent sur Internet, permettant d’analyser les micro-organismes présents dans des échantillons de selles. Les laboratoires fournissent alors un rapport sur la diversité bactérienne et l’abondance de certaines espèces.

« Mais leurs résultats sont peu fiables, c’est pourquoi de nombreux médecins les déconseillent formellement », alerte l’Inserm sur son Canal Detox, dédié à la lutte contre la désinformation en matière de santé.

En effet, une étude de fin 2024 publiée dans la revue Microbiome a révélé des disparités significatives entre les résultats de différents laboratoires sur le même échantillon de selles. « La diversité bactérienne, indicateur crucial de la santé intestinale, a été qualifiée d’‘excellente’ par un laboratoire, ‘défavorable’ par un autre, et simplement ‘moyenne’ par deux autres », précise l’Inserm. Plus préoccupant, certaines analyses évoquaient des risques graves tels que cancers et maladies neurodégénératives, sans fondement scientifique solide, reposant uniquement sur la présence ou l’absence de certaines bactéries.

Il n’existe aujourd’hui aucune méthode standardisée permettant de définir ce qui constitue un microbiote « normal » ou « déséquilibré ». De plus, la variabilité du microbiote est telle qu’un déséquilibre observé chez un individu peut être tout à fait normal chez un autre, souligne l’Inserm.

La Société française de microbiologie partage ces préoccupations. Dans une tribune parue dans Le Monde en 2023, un groupe de médecins a recommandé de ne pas utiliser ces tests à des fins individuelles, car ils risquent de susciter de faux espoirs et d’orienter vers des traitements non validés.

Et que penser des recommandations personnalisées ?

Suite à l’analyse, certains laboratoires proposent des conseils alimentaires ou des traitements censés « rééquilibrer » le microbiote. Ces produits sont classés comme compléments alimentaires et échappent aux exigences de rigoureux essais cliniques, ce qui remet en question leur efficacité réelle.

De plus, les effets des compléments destinés à « rééquilibrer » le microbiote ne sont pas uniformes, et dans certains cas, peuvent provoquer des effets opposes. Une étude de l’Inserm a révélé qu’une souche de la bactérie E. coli « Nissle 1917 », utilisée contre les troubles digestifs, peut endommager l’ADN chez certains patients.

Comment prendre soin de son microbiote ?

Il ne s’avère pas nécessaire de recourir à des tests coûteux et douteux pour entretenir la flore intestinale :

  • privilégiez une alimentation variée, riche en fibres (fruits, légumes, céréales complètes) ;
  • limitez la consommation d’aliments ultra-transformés ;
  • pratiquez régulièrement une activité physique ;
  • utilisez les antibiotiques uniquement lorsque c’est nécessaire et sous prescription médicale.

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