La Cour des comptes tire la sonnette d’alarme concernant la faible utilisation du carnet de vaccination électronique en France. Actuellement, uniquement 11 % des utilisateurs de « Mon Espace Santé » possèdent des données sur leurs vaccinations, ce qui représente une vulnérabilité significative en cas d’urgence sanitaire. L’institution appelle à sa généralisation d’ici à 2028., rapporte TopTribune.
Dans un rapport diffusé le 7 septembre 2026, la Cour des comptes souligne des préoccupations majeures concernant le suivi des vaccinations en France. Quinze ans après le lancement de l’outil, devenu « Mon Espace Santé », le carnet de vaccination électronique est encore largement sous-exploité. Ce manque d’utilisation représente, selon les experts, un risque significatif pour la population en cas de nouvelle crise sanitaire.
Une adoption dérisoire malgré une infrastructure disponible
Les statistiques fournies par cette autorité financière sont claires : à peine 35 % des assurés sociaux ont activé l’application « Mon Espace Santé ». Plus préoccupant encore, parmi ces utilisateurs, seulement 11 % ont effectivement enregistré des données vaccinales dans leur dossier électronique. Ce constat met en lumière un échec d’un dispositif qui est pourtant accessible depuis 2011.
Amélie de Montchalin, présidente de la Cour des comptes, a déclaré dans des propos relatés par Le Figaro : « Ne pas disposer d’un carnet de vaccination électronique à jour est un obstacle majeur à notre protection individuelle. » Ce déficit personnel se transforme en une vulnérabilité collective lors de l’émergence d’une épidémie, rendant difficile pour les autorités sanitaires d’évaluer le niveau de protection de la population.
Des obstacles techniques entravent le système
Le rapport de l’institution d’audit révèle des dysfonctionnements organisationnels qui freinent l’adoption généralisée du carnet de vaccination. Pour l’heure, ce sont principalement les pharmaciens, en charge de la vaccination antigrippale, qui alimentent le système de « Mon Espace Santé ». Les médecins et autres professionnels de santé rencontrent des problèmes de compatibilité entre leurs logiciels et la plateforme nationale.
Cette situation crée un paradoxe où l’infrastructure théoriquement fonctionnelle ne peut pas être exploitée pleinement. Le professeur Alain Fischer, pédiatre et immunologue, cité par ICI Radio-Canada, souligne cette réalité : « Les documents papier n’ont plus vraiment de sens aujourd’hui. » Pourtant, en l’absence d’interopérabilité, le carnet papier demeure la norme pour une grande majorité de la population française.
Une vulnérabilité sanitaire préoccupante
Au-delà des questions techniques, c’est la capacité de réponse du système de santé qui est mise en péril. Amélie de Montchalin insiste sur cet aspect stratégique : « C’est également un facteur de fragilité pour la santé publique : en période épidémique, le niveau de protection de la population demeure inconnu. » Cette incertitude entrave la planification efficace des campagnes de vaccination d’urgence et complique l’identification rapide des groupes vulnérables.
L’exemple de la grippe saisonnière illustre parfaitement cette situation. Avec un taux de vaccination de 54 % chez les seniors de plus de 65 ans, la France est loin de l’objectif de 75 % que préconise l’Organisation mondiale de la Santé. Ce déficit contribue aux 9 000 à 10 000 décès annuels liés à cette maladie sur le territoire. Sans un outil de suivi efficace, il devient difficile d’identifier les individus non vaccinés et de les encourager à se protéger.
Un calendrier serré pour corriger le tir
Face à cette situation, la Cour des comptes recommande une généralisation du carnet de vaccination électronique d’ici 2028. Cet objectif, ambitieux, implique que tous les assurés sociaux doivent « rattraper » leur historique vaccinal complet dans les deux prochaines années. Ce défi considérable nécessitera une mobilisation concertée de tous les acteurs du système de santé.
Pour réaliser cette ambition, plusieurs leviers doivent être actionnés simultanément. En premier lieu, il est crucial d’améliorer les systèmes informatiques des cabinets médicaux afin de faciliter l’alimentation de « Mon Espace Santé ». Ensuite, une campagne d’information massive est nécessaire pour inciter les citoyens à activer leur compte personnel et y inscrire leurs antécédents vaccinaux. Enfin, une formation des professionnels de santé à l’utilisation systématique de cet outil lors de chaque vaccination s’avère essentielle.
Un investissement indispensable dans la prévention
L’enjeu financier ne doit pas être sous-estimé. En 2024, la vaccination a représenté un coût de 1,4 milliard d’euros pour la France. Cependant, cet investissement génère d’importantes économies en matière de dépenses de santé évitées. Les données de 2017-2018 révèlent ainsi un bénéfice net de 47 millions d’euros grâce à la prévention vaccinale.
De plus, la juridiction financière appelle la Haute Autorité de Santé à renforcer son évaluation de l’efficacité réelle des nouveaux vaccins, parfois onéreux, par rapport à des solutions déjà disponibles. Cette demande de transparence vise à garantir que chaque euro investi dans la vaccination produise le maximum de bénéfices pour la santé publique.
Vers une transformation numérique de la santé publique
Le rapport s’inscrit dans le cadre d’une transformation numérique plus large du système de santé français. Depuis le début de 2026, plusieurs organismes ont intensifié leurs recommandations pour renforcer la politique vaccinale. En avril, l’Académie nationale de médecine a plaidé pour la vaccination obligatoire des professionnels de santé contre la grippe. En juillet, la Haute Autorité de Santé a élargi cette recommandation à l’ensemble des professionnels du secteur.
Ces initiatives montrent une prise de conscience collective quant à l’importance de la prévention vaccinale. Toutefois, en l’absence d’un outil de suivi efficace, ces efforts risquent de ne pas aboutir. Le carnet de vaccination électronique apparaît donc comme un élément central d’une politique de santé publique réellement efficace.
Alors que l’adhésion de la population française à la vaccination continue de progresser – passant de 61 % en 2010 à 80 % en 2024 – l’absence d’une infrastructure numérique adéquate constitue un manque à gagner. Les citoyens sont prêts à se faire vacciner ; il est impératif de leur fournir les moyens de suivre leur parcours vaccinal et de recevoir des rappels au moment opportun.
Le défi posé par la Cour des comptes va au-delà d’une simple question technique. Il s’agit de bâtir un système de santé résilient, capable d’anticiper les crises plutôt que de réagir après coup. À une époque où les menaces épidémiques se multiplient, disposer d’une vue d’ensemble précise et actualisée des vaccinations est une nécessité inéluctable. Les deux années à venir détermineront si la France parviendra à transformer cette infrastructure inexploitée en un véritable bouclier sanitaire collectif.
