Agences sanitaires : l'État crée de multiples structures sans améliorer l'efficacité

Agences sanitaires : l’État crée de multiples structures sans améliorer l’efficacité

03.11.2026 12:38
4 min de lecture

Agences sanitaires en France : un système complexe et coûteux

Des investissements publics considérables, des compétences qui se chevauchent et des responsabilités diffusées : une étude de l’Observatoire Hexagone examine le fonctionnement des agences sanitaires françaises. Un système dont la complexité engendre des coûts élevés, sans toujours garantir une protection optimale de la population., rapporte TopTribune.

En mai 2019, Édouard Philippe révélait son intention d’évaluer environ 1 200 établissements, organismes et agences qui soutiennent l’action de l’État. Sept ans après cette annonce, la promesse de rationalisation semble rester sans suite. La France maintient un réseau vaste d’organismes publics, dont les missions et compétences se chevauchent fréquemment.

Une étude menée par l’Observatoire Hexagone s’intéresse à l’un des domaines où cette complexité est particulièrement aiguë : la santé publique. Au fil des années, les gouvernements français ont multiplié la création d’agences spécialisées, suivies par l’établissement de nouvelles entités pour coordonner leurs activités. Cette accumulation suscite des interrogations concernant le coût, l’efficacité et la prise de décision au sein de ce système.

Impact financier significatif

Le poids économique de cet écosystème est loin d’être négligeable. Pour 2025, les principaux organismes nationaux de santé soutenus par l’Assurance maladie recevront plus de 1,2 milliard d’euros en dotations. Les 18 agences régionales de santé (ARS) représentent, quant à elles, plus de 8 000 emplois, avec un budget de gestion d’environ 800 millions d’euros, financé par l’État et l’Assurance maladie.

À cela s’ajoutent les ressources d’autres organismes, comme l’Agence nationale de sécurité sanitaire (ANSES), dont le budget initial pour 2025 approchera les 180 millions d’euros, mobilisant plus de 1 400 équivalents temps plein.

Ces montants reflètent des missions variées et ne représentent pas, en soi, des dépenses superflues. Néanmoins, leur ampleur incite à réévaluer la pertinence de chaque structure, notamment dans un pays où les dépenses publiques atteignent près de 57 % du PIB.

Ce débat n’est pas récent. Dès 2007, le Sénat mettait en garde contre le nombre croissant d’agences sanitaires et les difficultés d’articulation entre leurs compétences. En 2011, l’Inspection générale des affaires sociales recensait déjà 14 organismes impliqués dans l’expertise sanitaire dans plusieurs secteurs.

Depuis, la coordination est devenue à son tour une activité institutionnelle à part entière. Le Haut Conseil de la santé publique (HCSP) a pour mission d’organiser la production d’expertise en partenariat avec les autres agences. Selon son organigramme de 2024, pas moins de 16 institutions sont représentées, accompagnées de cinq commissions spécialisées, huit groupes de travail permanents et 123 experts.

Un contrôle démocratique parfois compromis

Au-delà des dépenses, l’Observatoire Hexagone souligne une autre problématique : l’éloignement entre ceux qui financent les agences et ceux qui les gèrent.

Dans un rapport, le Sénat a noté que quinze organismes et fonds autonomes du secteur sanitaire bénéficiaient de financements de la Sécurité sociale selon des procédures exceptionnelles, diminuant l’implication du Parlement. Les sénateurs ont même qualifié la Sécurité sociale de « financeur aveugle ».

La Haute Autorité de santé (HAS) en est un exemple frappant : aucun membre de son collège n’est désigné par une administration de Sécurité sociale, alors que cette dernière joue un rôle majeur dans le financement du système sanitaire. L’ANSES, de son côté, dépend de quatre ministères, sans représentation parlementaire au sein de son conseil d’administration.

Cette dissémination des responsabilités devient particulièrement problématique en période de crise.

La pandémie de Covid-19 : un révélateur des chevauchements

Durant la pandémie, plusieursinstances ont été sollicitées pour donner des avis sur des thématiques connexes : Conseil scientifique, HCSP, Haute Autorité de santé, comités spécialisés sur les vaccins et d’autres structures consultatives.

Pour des questions concernant la gestion des établissements scolaires ou la vaccination, des recommandations ont ainsi coexisté, provenant de différents organismes. Le Sénat a noté ces chevauchements et suggéré la création d’une instance scientifique nationale d’expertise unique.

L’historique de l’expertise vaccinale illustre bien les hésitations rencontrées en France. En 2017, les compétences correspondantes avaient été transférées du HCSP à la HAS pour simplifier l’organisation. Cependant, trois ans plus tard, la crise sanitaire entraînait la formation de nouvelles instances spécialisées.

Le dossier concernant la cigarette électronique met également en lumière les difficultés d’une expertise fragmentée. Depuis 2014, plusieurs institutions ont examiné ce sujet sous des angles variés, s’appliquant entre l’aide au sevrage tabagique et l’évaluation des risques sanitaires. Cette diversité d’approches peut être justifiée sur le plan scientifique, mais complexifie la clarté des recommandations publiques.

Doit-on alors disparaître les agences sanitaires ? Leur expertise reste essentielle. La question se pose plutôt de savoir si toutes doivent conserver leur autonomie, leurs organes de gouvernance et leurs structures administratives.

Une proposition de loi en cours d’examen au Sénat envisage notamment la dissolution des ARS, leurs missions étant transférées à l’État, ainsi que l’instauration d’une tutelle administrative unique pour chaque organisme.

Pour l’Observatoire Hexagone, la rationalisation ne viserait pas seulement un objectif d’économies, mais pourrait aussi apporter une clarification des responsabilités, rendant les décisions sanitaires plus cohérentes. Alors que la France fait face à un déclin de ses finances publiques, une question mérite d’être posée : quel est le coût réel de cette complexité administrative, et quel bénéfice en retire le contribuable ?

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